اسم شریف آنحضرت محمد و کنیت آنجناب ابوجعفر و القاب شریفه اش باقر، شاکر و هادی است و مشهورترین لقبهای آنحضرت باقر است و این لقبی است که حضرت رسالت صلی الله علیه و اله وسلم آن جناب را به آن ملقب فرموده. چنانچه بروایت سفینه از جابر بن عبدالله منقولست: «بقرالعلم بقرا ای شقه شقا و اظهره اظهارا»
آنحضرت در واقعه کربلا حضور داشت و در آن وقت چهار سال از سن مبارکشان گذشته بود.
والده ماجده اش حضرت فاطمه دختر امام حسن مجتبی علیه السلام بود که او را ام عبدالله میگفتند و آن حضرت
ابن خیرتین و علوی بین علویین بود.
نقل شده است هرگز از سرای آنحضرت در جواب سائل شنیده نشده که بگویند « یا سائل» یعنی از روی حقارت و خفت نام سائل نمیبردند و آنحضرت فرموده بود « سموهم باحسن اسمائهم» یعنی سائلین را به بهترین اسامی ایشان نامدار کنید.
ایشان در مزارع و املاک خود کار میکردند و «کل بر مردم نبودند» یعنی مثل صوفیانی که بروند و عبادت کنند و قوت و غذای خود را از دیگران بگیرند.
از کتاب بیان و تبیین جاحظ نقل شده که گفته:
وقتی مردی نصرانی از روی جسارت در حضرتش عرض کرد: انت بقر فرمود نه چنین است بلکه من باقر میباشم. عرض کرد تو پسر طباخه میباشی، فرمود: «ذالک حرفتها» آن حرفه او بود. عرض کرد تو پسر کنیز سیاه بدیه یعنی بدزبان هستی، فرمود: «ان کنت صدقت غفرالله لها وان کنت کذبت غفرالله لک»
و پس از آن مرد نصرانی چون این حلم و بردباری از ایشان دید مسلمان شد.
در بیان یکی از معجزات آن حضرت:
در بینا کردن ابوبصیر توسط آن حضزت و برگردانیدن به حالت اول:
از قطب راوندی نقل شده که به سند خویش روایت کرده از ابوبصیر که گفت گفتم به حضرت امام محمد باقر علیه السلام که من مولای تو و از شیعه تو و ناتوان و کور میباشم. پس بهشت را برای من ضمانت کن.فرمود نمیخواهی علامت ائمه را بتو عطا کنم؟ عرض کردم چه باشد که هم علامت و هم ضمانت را برای من جمع فرمائی؟ فرمود برای چیست این را دوست داری؟ گفتم چگونه آن را دوست ندارم؟ پس دست مبارک به دیده ام مالید در حال جمیع ائمه علیهم السلام را نزد آن حضرت بدیدم. آنگاه فرمود چشم بیفکن و نظر کن به چشم خود. چه میبینی ابوبصیر؟ گفت به خدا قسم ندیدم بجز سگ یا خوک یا بوزینه، عرض کردم این خلق ممسوخ کدامند؟ فرمود اینها که میبینی سواد اعظم است و اگر پرده برداشته شود و صورت حقیقی کسان را باز نمایند مردم شیعه مخالفین خود را جز در اینصورت مسخ شده نخواهند دید. پس از آن فرمود ای ابو محمد اگر میخواهی تو را بر این حال باز گذارم یعنی به حالت بینائی لکن حسابت با خدا باشد، و اگر دوست میداری در حضرت یزدان از تو بهر تو بهشت را ضمانت کنم ترا به حالت نخست بازگردانم. عرض کردم هیچ حاجتی نباشد در نظاره به این خلق منکوس، مرا به حالت اول بازگردان که هیچ چیز عوض بهشت نیست. پس دست مبارک بر دیده ام مسح کرد و به آن حال که بودم باز شدم.
در ذکر پاره ای از مواعظ آن حضرت:
آمیخته نشده هیچ چیزی به چیزی که بهتر باشد از آمیختن علم به حلم.
هرکس را که خدای خود او را برای او واعظ و پندگوی نگرداند مواعظ دیگران او را فائده نرساند.
همانا حاجتمند بودن به مردم نوکیسه که به تازگی دارای مال و بضاعت شده اند مانند درهمی است که در دهان افعی باشد که تو به آن درهم حاجت داری و لکن تو به سبب آن افعی دچار خطر و نزدیک هلاکتی.