علوم عقلى بر اساس دانش پيشينيان، شامل منطق، فلسفه، هيئت، نجوم، هندسه، حساب، رياضى و پزشكى مىشود كه هر يك از اينها نيز علومى را در زير عنوان خود شامل مىشوند. به طور كلى، آنچه در قديم به عنوان حكمت نظرى شناخته مىشد، شامل رياضيات، طبيعيات و الهيات است كه به نحوى كليه علوم و فنون را در بر مىگيرد. حكمت عملى نيز شامل اخلاق، تدبير منزل و سياست مدن (كشوردارى) مىشود.
كتب اين علوم با اين تقسيمبندى حدود دو قرن پس از ظهور اسلام از طريق ترجمه وارد جهان اسلام و كشورهاى مسلمان شدند و مسلمانان پس از مطالعه و درك آنها به تشريح و تكميل و گاه نقد اين علوم پرداختند و ترويج اين دانشها نيز به نحوى در دستور كار عالمان مسلمان قرار گرفت.
در اواسط دوران صفويه، يعنى حدود دو - سه نسل پيش از مجلسى، اين علوم پابهپاى فنون و دانشهاى ديگر به رشدى چشمگير در ايران رسيد و چهرههايى مانند مير محمدباقر داماد، شيخ بهاءالدين محمد عاملى و مير ابوالقاسم فندِرِسكى پديد آمدند. ثمره مكتب اين عالمان، ظهور نابغهاى چون صدرالدين محمد بن ابراهيم شيرازى معروف به صدرالمتألهين و ملاصدرا بود و عالمانى ديگر، و موج عظيم طلابى كه فلسفه را رشته اصلى تحصيل خود قرار داده بودند. گفتنى است كه در همين روند، از حكمت و علوم عقلى به بخش الهيات آن بيشتر توجه مىشد و بخشهاى رياضيات و طبيعيات كمتر مورد توجه قرار مىگرفت.
طبيعتا مجلسى و ديگر عالمان معاصر او و قبل از او نيز علوم عقلى را خوانده بودند و - به ويژه مجلسى - شاگرد باواسطه يا بيواسطه فيلسوفان بزرگ آن عهد بودند. حتى سلسله اجازات مجلسى در برخى موارد به ملاصدرا و امثال او مىرسد.
اما به موازات رشد فلسفه و علوم عقلى، نه تنها در ميان عالمان دينى بلكه حتى در ميان شاگردان مكتب فلسفى دوران صفوى نيز موجى عليه فلسفه به راه افتاد كه مردم و عالمان را به سوى دانشهاى اصيل دينى فرامىخواند كه در قرآن و حديث تبلور يافتهاند. براى نمونه مىتوان از داماد و بهترين شارح آراى ملاصدرا يعنى ملا محسن فيض كاشانى - نام برد كه چيزى شبيه توبهنامه نوشت، از فلسفه به قرآن و حديث روى آورد و در آنها به بررسى و تأليف پرداخت.
منشأ پديد آمدن اين حساسيت و احساس تضاد در عالمان دينگرا را بايد در اين جست كه دينداران فلسفهگرا در مواردى فلسفه و علوم يونانى را با آموزههاى دين، و در ديگر موارد آموزههاى دين، و در ديگر موارد آموزههاى دين را با فلسفه و علوم يونانى تطبيق مىدادند و در همه اين زمينهها روش چنين بود كه اصالت و صحت اين علوم عقلى بشرى مورد ترديد قرار نگيرد و تضادها همواره به نفع دانش عقلى زمان حل شود.
مجلسى كه در اواخر دوران صفوى مىزيست و در حوزه دينى و فلسفى آن آموزش ديده بود، از اين مشكل آگاه بود و بر اين اساس تصميم گرفت و راه خود را برگزيد. خود مىگويد كه در دورانى به كار قرآن و حديث پرداخت كه طالبان علم كمتر از آن استقبال مىكنند.
توجه به نكات آتى مىتواند ذهنيت مجلسى و همفكران او را درباره نسبت علوم بشرى و فلسفه از يك سو و دين و آموزههاى دينى از سويى ديگر روشن سازد:
1. برخى از علوم بشرى - مانند حساب و هندسه - يقينىاند. بنابراين مىتوانند براى فهم بهتر آموزههاى دينى و در خدمت دين و شريعت به كار گرفته شوند و حتى مبناى تأويل و تفسير بخشهاى غيريقينى دين قرار گيرند.
2. برخى از دانشهاى بشرى ظنىاند و ممكن است درست نباشند و بعدها رد شوند. در مقابل، بسيارى از آموزههاى دينى يقينىاند. بنابراين نمىتوان اين بخش از دانش بشرى را مبنايى براى فهم و تفسير آن بخش از دين قرار داد يا آن بخش از دين يا دانش بشرى را به گونهاى تفسير كرد كه ميان اين دو سازگارى پديد آيد.
3. بخشهاى يقينى دين و يقينى علم بشرى هيچگاه با يكديگر مخالفت و تضادى نخواهد يافت.
4. دانش بشرى و دين الهى داراى حوزههايى مشتركاند و مىتوان در موارد يقينى، هر يك را در خدمت ديگرى به كار گرفت يا در فهم ديگرى از آن بهره برد.
5. دين الهى خطاناپذير است و در درستى سخن خدا و معصوم شك نيست. شك در اين است كه سخنى آيا سخن خدا يا معصوم هست يا نيست؛ و اينكه مقصود و منظور سخن آنها را دريافتهايم يا نه.
6. نص و ظاهر آيات و روايات حجت است. برگرداندن معنى و مفهوم از معنى و مفهومى كه در نص و ظاهر نهفته است صحيح نيست مگر اينكه قرينهاى آشكار يا دليلى محكم داشته باشيم.
امور ظنى دانش بشرى قرينه يا دليلى براى تأويل و برگرداندن معانى از ظاهرشان نيستند.
7. دانشهاى بشرى ناتوانترند از اينكه بتوانند به همه پرسشهاى بشر پاسخ گويند و همه مجهولات را حل كنند. بنابراين گستره آنها محدود است و نمىتواند مبناى سنجش گستره نامحدود دانشهاى الهى قرار گيرد.
8. فلسفه و علوم يونانى دهها سال بعد و از بيرون وارد جهان اسلام شدند. بنابراين نمىتوان آنها را مبنايى اصلى و اصيل براى فهم اسلام قرار داد. چنين نبوده است كه پيامبران نخست به مردم فلسفه و علوم يونانى بياموزند و بعد دين را به آنان عرضه كنند. البته فراگرفتن هر دانشى ممكن است به كار فهم بهتر دين يا زندگى بهتر دنيا بيايد چنان كه مىتواند به كار نيايد. همانگونه كه هر علمى ممكن است درست باشد، ممكن است نباشد، ضمن اينكه هر انسانى بايد بينديشد كه كدام علم به كار سعادت او مىآيد و كدام تنها و تلف كردن است. بنابراين به هر علمى بايد به اندازه خودش بها داد. علوم يونانى چيزى نيستند كه يكپارچه درست باشند يا با ندانستن همه يا بخشى از آنها دنيا يا آخرت كسى آسيب ببيند. اگر ضرورتى براى سعادت دنيايى يا آخرتى انسانها داشتند، پيامبران بايد به فراگيرى آنها پيش و بيش از هر چيز ديگر توصيه مىكردند.
بنابراين مجلسى ضمن اينكه از علومى مانند رياضيات براى شرح و تفسير روايات بهره مىبرد و مواردى از دانشهاى يونانى را كه با آموزههاى دين سازگارند به خدمت تأييد اين آموزهها مىگيرد، معتقد است كه بسيارى از آراى حكماى قديم يونان و شارحان و مبلغان مسلمان آنها غلط است.
مجلسى همچنين - مانند بسيارى از پيشينيان - به رد پاى انگيزههاى الحادى و نفى دين در ورود و گسترش حكمت يونان اشاره مىكند.
البته از آنجا كه مقوله انگيزه از مقوله حق و باطل جداست، به فرض صحت چنين فرضهايى درباره انگيزهها، نمىتوان آنها را مبنايى براى پذيرش يا رد علوم يونانى دانست.