روش مجلسى در بررسى حديث، همان شيوه معمول در روششناسى حديثپژوهى است. اين روش به ترتيب عبارت است از:
1. بررسى سند روايت (سلسله راويان)، نحوه تشكيل سند و ارتباط راويان با يكديگر، شناخت راويان و ميزان اعتمادى كه به نقل آنها مىتوان داشت. در نتيجه دستيابى به اينكه تا چه حد مىتوان از نظر سند، اطمينان داشت كه حديث، روايتگر قول، فعل يا تقرير معصوم است.
2. بررسى متن حديث، گستره شمول چيزى كه حديث از آن سخن مىگويد، بررسى مشكلات احتمالى حديث در لفظ يا معنى و مفهوم، و شرح و توضيح آنها.
3. ارائه احتمالاتى كه در سند يا متن حديث براى درستى (صحت انتساب آن به معصوم) يا نادرستى (غيرممكن بودن ارتباط آن با معصوم) مىرود به اين منظور كه حكم نهايى، مبادا به رد چيزى بينجامد كه احتمال صحت آن مىرود يا قبول چيزى كه پذيرش آن از هر حيث با مشكل روبهروست.
در اين بخش، مجلسى با كوشش خود در تبيين، توجيه و برشمارى احتمالهاى گوناگون براى احاديثى كه پذيرش آنها دشوار است، هم آگاهيهاى گسترده و ذهن فعال و پوياى خود را به نمايش گذاشته است و هم توانسته است مجرى خوبى براى اين دستور علمى و عملى ابن سينا باشد كه: هرچه از شگفتيها و عجايب عالم طبيعت شنيدى، آن را در جايگاه امكان بگذار تا آنگاه كه برهان قاطع، رأى تو را از آن بگرداند.
در اينجا نبايد از اين حقيقت غافل بود كه برخى از اين احتمالهاى حديثپژوهان پيشين مىتوانند از نگاه امروزى ما غلط باشند از آن رو كه ـ به ويژه در بخش علوم طبيعى ـ نه تنها دانش امروز ما بيش از دانش پيشينيان است بلكه گاه يافتههاى ما نادرستى سخن دانشمندان پيشين را به اثبات رسانده است.
با همه توضيحاتى كه در اين بند و بند پيشين آورديم، از نظر علمى و روششناختى، اين معقول است كه مجلسى در رد حديث احتياط كند و در ميان پذيرش بىدليل و انكار بىدليل، راه اعتدال در پيش گيرد.