فرزندان ملا محمدتقى مجلسى عبارتاند از:
فرزندان پسر
1. ملا عزيزالله مجلسى: بزرگترين پسر ملا محمدتقى مجلسى است. داراى صفات والاى اخلاقى و مشهور به حسن خلق بوده است. از او تأليفهايى در فقه و تاريخ به جا مانده است. زيبا مىنوشته و در نگارش خويش از تعبيراتى دلپسند بهره مىگرفته است.
2. ملا عبدالله مجلسى: دومين پسر ملا محمدتقى مجلسى است. فقيه، واعظ، دانشمند، صالح، نقدكننده علم رجال، حديثشناس، پرهيزكار و عابد بود. علوم عقلى و نقلى را نزد پدرش و محقق خوانسارى فراگرفته بود. پس از درگذشت پدر به هند سفر كرد و در همان جا درگذشت. از او تأليفهايى به يادگار مانده است.
3. ملا محمدباقر مجلسى: كوچكترين فرزند ملا محمدتقى مجلسى و نامدارترين فرزند اوست.
فرزندان دختر
1. آمنه، آمنه خاتون يا آمنه بيگم: بزرگترين دختر دانشمند مجلسى و مشهورترين آنهاست. با عنوانى جداگانه به او خواهيم پرداخت. وى به همسرى عالم بزرگ ملا محمدصالح مازندرانى (شارح اصول كافى) درآمد.
2. دومين دختر دانشمند ملا محمدتقى مجلسى همسر عالم پارسا ملا محمدعلى استرآبادى شد.
3. سومين دختر دانشمند ملا محمدتقى مجلسى به همسرى ميرزا محمدبن حسن شيروانى (صاحب حواشى معروفى بر معالم و كتابهاى ديگر) درآمد.
4. چهارمين دختر دانشمند ملا محمدتقى مجلسى همسر عالم متبحر ميرزا كمالالدين محمد فسايى (شارح كتاب شافيه) شد.
