از شيخ آثار علمى زيادى بجاى ماند كه شايد از همه آنها يك كتابخانهاى تشكيل يابد مترجمين نوشتهاند كه مؤلفات شيخ از سيصد كتاب متجاوز بود كه در علوم مختلف نوشته شده بود در يكى از سفرها كه بشهر ايلاق (يكى از شهرهاى ما وراء النهر) كرده است با شريف ابى عبد اللَّه محمّد بن الحسن معروف بنعمت ملاقاتى كرده كه در آن ملاقات شريف مذكور بيشتر مصنّفات شيخ را استنساخ نموده و همه را از او روايت كرده است و جمعا 245 كتاب بوده و اين ملاقات پيش از آن بوده كه كتاب من لا يحضره الفقيه را بنويسد و پس از تأليف كتاب من لا يحضره الفقيه هم تقريبا پنجاه كتاب ديگر تأليف نموده است ولى با كمال تأسّف از اين همه ثروت علمى چند جلدى بيشتر در دست ما نيست كه شايد كمتر از بيست جلد باشد و آنها بقرار ذيل است.
1- الاعتقادات:
اين كتاب را شيخ روز جمعه دوازدهم ماه شعبان 368 ه در نيشابور املاء نموده و جهتش اين بوده كه علماء نيشابور در محضر شيخ گرد آمده و از او تقاضا نمودند كه بطور اختصار دين اماميه را براى آنان بيان كند و شيخ طوسى در الفهرست ص 185 اين كتاب را (دين الاماميّة) ناميده و ابن شهر آشوب نيز به پيروى از شيخ كتاب مزبور را بهمين نام خوانده است.
2- الامالى:
مجموعه سخنرانيهاى شيخ است در شهرهاى مختلف كه اوّلين سخنرانى در روز جمعه 18 رجب 368 ه در رى بوده و مجلس بيست و پنجم در شهر طوس (مشهد مقدس) روز جمعه 17 ذى الحجة 367 و هم چنين سخنرانى 26 روز غدير همان سال در مشهد بوده و سخنرانى 27 غره محرم 368 پس از مراجعت از مشهد و مجلس 89 روز يك شنبه غرّه شعبان 368 در نيشابور در خانه سيد يحيى بن محمّد علوى بوده و جلسه 92 و 93 در نيشابور و هكذا و كتاب، ترجمههاى متعددى شده و بچاپ رسيده است.
3- التوحيد :
كه مكرّر در ايران و بمبئى و نجف طبع شده و دانشمندان اسلامى شرحهاى متعدّدى بر آن نوشتهاند.
4- ثواب الاعمال
5- عقاب الاعمال
6- صفات الشيعة
7- علل الشرائع
8- عيون اخبار الرضا
9 فضايل رجب
10 فضايل شعبان
11 فضايل رمضان
12 فضائل الشيعة
13 كمال الدين و تمام النعمة كه اكمال الدين و اتمام النعمةاش نيز ميگويند
14- مصادقة الاخوان
15 المقنع
16 من لا يحضره الفقيه
17 الهداية
18 الخصال:
كتابى كه در دسترس خوانندگان گذاشته مىشود كتابى است كه صفات نيك و بد را بحسب ترتيب شماره و هم چنين رواياتى را كه متضمّن عددى است بترتيب جمع آورى نموده است گرچه پارهاى از روايات غير معتبره هم در خلال آنها ديده مىشود ولى بطورى كه اشاره شد مصنّفين شيعه از نظر حفظ امانت در نقل روايات را در كتب روايتى بدون دخل و تصرّف نقل كردهاند و تشخيص صحيح از سقيم بعهده خواننده و متخصّص علمى كه ميخواهد از روايات وارده در آن باب استفاده نمايد واگذار نمودهاند با دقّتى كه در ترجمه كتاب مزبور شده است و اكنون از طبع خارج مىشود اميد است مورد پسند و رضايت ارباب فضل گردد و از اشتباهاتى كه احتمالا در ترجمه و يا تصحيح روى داده باشد چشم پوشى نمايند.
