تاريخ درگذشت مجلسى شب 27 رمضان 1110 هجرى قمرى است. در مرگ او مادهتاريخهايى چند سرودهاند كه كوتاهترين، گوياترين و زيباترين آنها سروده زير است:
ددد ماه رمضان چو بيستوهفتش كم شد ـــــ تاريخ وفات باقر اعلم شد دددد
اين بيت داراى دو معنى موازى است كه يكى روز وفات و ديگرى سال وفات مجلسى را مشخص مىكند:
1) چون 27 روز از ماه رمضان كم شد (يعنى روز 27 ماه رمضان) روز و ماه درگذشت مجلسى شد.
2) تركيب ماه رمضان به حروف ابجد برابر با 1137 است:
+ م + ا + ه + ر + م + ض + ا + ن
40 + 1 + 5 + 200 + 40 + 800 + 1 + 50 = 1137
چون عدد 27 از آن كم شد (1110 شد) سال درگذشت مجلسى شد.
مجلسى در 73 سالگى پس از مدتى بيمارى درگذشت. او را در كنار آرامگاه پدرش كه امروزه بقعه مجلسى ناميده مىشود و زيارتگاه است به خاك سپردند. اصفهان در سوك مجلسى يك هفته به عزا نشست و مجالس ترحيم او تا مدتها ادامه داشت.
مجلسى حدود چهل سال پيش از آن تاريخ، روز جمعهاى در مسجد جامع اصفهان به منبر رفت، درباره اعتقاد و ايمان و شاخههاى آن به سخن پرداخت و گفت كه اعتقاد من چنين است. سپس كفن خود را حاضر كرد و از مردم خواست بر آن بنويسند كه بر ايمان او شهادت مىدهند.
