ديديم كه مجلسى در اواخر سلطنت 29 ساله شاه سليمان صفوى به مدت 8 سال و در اوايل حكومت 29 ساله شاه سلطانحسين صفوى به مدت 4 سال شيخالاسلام بود. بنابراين بسيار دور از تحقيق است كه او را روحانى دوران شاه سلطانحسين بدانيم و قصدمان پيوند دادن ميان اين دو در تمام يا بيشتر دوران سلطنت آن شاه باشد.
سلطانحسين ميرزا كه پس از سلطنت به شاه سلطانحسين معروف شد، زمانى به جاى پدر نشست كه مجلسى منصب شيخالاسلامى داشت و او در واقع مجلسى را در اين سمت ابقا كرد. به گزارش برخى متون تاريخى و تأييد ديگر متون، شاه سلطانحسين در آغاز پادشاهى متدين بود و پيش از اين به صفت حلم و حجب و نيز ضعف نفس شناخته مىشد. سلطانحسين ميرزا علماى دين را احترام مىنهاد و آنها را بزرگ مىداشت. وى كمال متابعت در مسائل و موضوعهاى دينى را از مجلسى داشت و او را تأييد مىكرد. مواعظ او سلطانحسين ميرزا را سودمند افتاد و وى از همه اعمال خلاف شرع رايج در دربار صفوى توبه كرد. پس از به سلطنت رسيدن نيز فرمان ممنوعيت شرابخوارى را براى درباريان و ديگر مردم داد.
از جنبه امور سياسى نيز درباريان دنياطلب، اعم از خواجهسرايان و پيرزنان بانفوذ، كوشش مىكردند تا از نقاط ضعف شاه نهايت بهره را ببرند و كارى كنند كه او كشور را به گونهاى اداره كند كه مطابق ميل آنهاست بهويژه اينكه شاه روحيه مبارزه و ستيز نداشت و به لشكر چندان اهميتى نمىداد.
اين بود كه بلافاصله پس از درگذشت مجلسى، فرصتى پيش آمد كه شاه كاملا زير نفوذ درباريان قرار گيرد. آنها با روشهايى توطئهآميز شاه را به شرابخوارى و هوسرانى كشاندند و در مدت زمانى حدود 25 سال پس از درگذشت مجلسى، از وى پادشاهى ساختند كه در بيكفايتى، هوسرانى و لذتجويى شهره است.
بنابراين باز به دور از تحقيق است كه مجلسى را عالم دربار شاه سلطانحسين در 25 سالى از زندگى ننگين آن پادشاه بدانيم كه مجلسى در قيد حيات نبوده است.
تشابه اسمى ميان مير محمدباقر معلم شاه با ملا محمدباقر مجلسى نيز مايه توهماتى براى برخى خاورشناسان و به پيروى آنها برخى معاصران ما شده است كه در جاى خود به آن خواهيم پرداخت.
