اگر بپذيريم كه مجلسى انسانى خطاناپذير نيست، پذيرش اين نيز بر ما دشوار نخواهد بود كه عالمان پس از مجلسى - يا احيانا معاصران او - برخى ديدگاهها، تفسيرها يا نقلهاى او را درباره برخى آيات و روايات يا نكات علمى و فلسفى نپذيرند و براى رد آنها اقامه دليل كنند.
در ميان عالمان پس از مجلسى كم نيستند آنها كه با اشاره يا به صراحت، به اجمال يا به تفصيل، با همان ابزارها و موازين سنت، به نقد نظر و روش مجلسى پرداختهاند. در اين ميان به مفسران، محدثان، رجالشناسان و فلسفهدانانى چند برمىخوريم كه هر يك از منظر تخصص خويش در اينباره نظرى دادهاند.
اهل حديث، برخى احاديث را كه مجلسى در بحارالانوار يا برخى كتب ديگر نقل كرده است، از نظر متن و سند خالى از اشكال ندانسته و گاه بر مجلسى خرده گرفتهاند كه چرا آنها را نقل كرده است. اينان در واقع نگاه دوبارهاى از منظر سنت به سنت داشته و با همان ابزارهاى مرسوم و كهن اما با دقتنظر بيشتر توانستهاند برخى خطاهاى مجلسى را در كاربرد روشهاى بررسى و نقد حديث بشناسند و بشناسانند؛ كارى كه از ديرباز در سنت علمى جهان اسلام سابقه داشته منشأ پويايى علمى و نقد، تصحيح و ادامه راه گذشتگان بىاطلاع است يا به خلاف نظر شيعه، عالمان گذشته را نيز با همه اختلافهايشان معصوم مىداند. مجلسى خود بر برخى گذشتگان خرده گرفته و ادعاى آن نيز داشته است كه پژوهشهاى وى حرف آخر است و نمىتوان بر آنها خرده گرفت.
براى فقيهان نيز بسيار طبيعى است كه آراى فقهى مجلسى را نيز - همچون آراى ديگر فقيهان معاصر و پيشين - بررسى و نقد كنند، به ويژه اينكه مجلسى نه اصولىِ صرف است نه اخبارىِ صرف. او راهى را ميان اين دو برگزيده است.
عالمان اهل فلسفه نيز، هم بسيارى خردهگيريهاى مجلسى بر فلسفه و فلسفهگرايان را رد كردهاند و هم اشكالهاى فلسفى و كلامى بر پارهاى از ديدگاههاى فلسفى يا كلامى او وارد آوردهاند.
در ميان همه اينها شاخصترين و قويترين چهره معاصر، آيتالله سيد محمدحسين طباطبايى (معروف به علامه طباطبايى) است. او يك محدث، مفسر و فيلسوف به تمام معناست كه اين جنبههاى او آشكار و جنبه فقاهتى وى پنهان است. به همين خاطر پاسخها و نقدهاى وى بر برخى ديدگاههاى كلامى يا فلسفى مجلسى گرچه با استدلال عقلى و فلسفى آميخته است اما گاه نيز با ارئه روايتى است كه راه را، هم بر استدلال عقلى و هم بر استدلال روايى مجلسى مىبندد.
به خاطر همين تسلط بود كه در چاپ جديد بحارالانوار، تعليق و پانوشت برخى توضيحات مجلسى را علامه طباطبايى واگذاردند و وى به شرح يا نقد برخى ديدگاههاى مجلسى پرداخت.
اما اين امر بر برخى سنگين آمد و ادامه آن را به صلاح حرمت و آبروى مجلسى ندانستند. در نتيجه اين تعليقات، تنها تا شش جلد ادامه يافت و سپس متوقف شد زيرا علامه طباطبايى كوتاه آمدن را به صلاح نمىدانست. استدلال وى آن بود كه حفظ آبروى معصومان مهمتر از حفظ آبروى مجلسى است.
